手足口病的病毒和引起疱疹性咽颊炎的病毒有很多是重叠的，比如CA16，既可以引起手足口病，也可以引起疱疹性咽颊炎。
所不同的是症状不同，手足口病除了嘴巴、掌心、脚板心和肛门周围也会出现透明的小水泡，而疱疹性咽颊炎只是在口腔上颚、颚弓和扁桃体两侧长水泡，且疱疹性咽颊炎的症状比手足口轻。
另一区别是，手足口病的少数患儿则可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症，个别重症患儿如果病情发展快，甚至会导致死亡。而疱疹性咽峡炎虽可能合并细菌感染，不会出现脑炎等并发症，即不会出现重症。
家长可以对照以下症状：
手足口和疱疹性咽峡炎都是传染性疾病，好发于五岁以下的儿童。
两者都是由肠道病毒所引起的疾病，具有一定相关性，而且二者病毒间有许多重叠，导致症状与传播非常相似，如果不是专业医疗人员，非常容易误诊误断。
从病症上来说，疱疹性咽颊炎来势猛烈，高热抽搐的临床表现往往让家长先乱阵脚，但实质上来说疱疹性咽颊炎不会造成非常严重的并发症与后遗症，但手足口病不然。
根据有关部门统计，手足口病患者有1%的几率感染并发症，尤其是三岁以下的儿童，常见有心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等，有时往往危机生命；家长们应当在发现孩子有手脚水泡与发热后，及时送去就医，切勿拖延。
因此，从并发症来看，手足口更危险。
